자유선진당 제주도당은 논평을 내고, 제주자치도가 정부와 체결한 해군기지 기본협약서는 반도민적이고 굴욕적이라고 평가했습니다. 논평에서 제주도당은 제주도정이 그동안 해군기지 반대급부로 알뜨르 비행장 무상 양여받겠다고 해놓고 이번 협약에서는 전혀 언급이 없다며 제주도정이 국방부에 백기를 든 셈이라고 비판하고 재협상을 요구했습니다. 제주경제정의실천시민연합도 성명을 내고 제주자치도가 도민들의 눈물을 외면하고 강정마을을 해군에 넘겨줬다며 해군기지 기본협약서가 체결된 날은 제주도민 굴욕의 날이며 수치의 날이라고 주장했습니다.