제주도감사위원회는 지난 2천9년 이후 최근까지 민속자연사박물관 행정업무를 감사한 결과, 자료에 맞지 않는 수납장을 설치해 유물 관리를 소홀히 하고, 자동소화설비를 제대로 갖추지 않는 등 부적절한 행정처리 6건을 적발해 시정과 주의, 권고를 요구했습니다. 또 정문 매표소 신축공사를 하면서 공사비를 과다하게 지급한 공무원에 대해 주의 처분을 요구하고, 800여 만 원을 회수하도록 요구했습니다.